ศึกปริศนาด้านมืด ได้ออกฉายในโรงภาพยนตร์ที่ประเทศญี่ปุ่นถึง 137 แห่งโดยมาแรงติดอันดับที่ 6 ของบอกซ์ออฟฟิศประเทศญี่ปุ่น และทำรายได้ถึง 133,010,600 เยน (ประมาณ 1,200,000 ดอลลาร์สหรัฐ) ในช่วงสุดสัปดาห์แรก[10] ภาพยนตร์เรื่องนี้ทำรายได้มากกว่า 800,000,000 เยน (ประมาณ 7,500,000 ดอลลาร์สหรัฐ) หลังจากการฉายภาพยนตร์จบลง[11][12] ในระหว่างการฉายภาพยนตร์ 4DX และ MX4D ได้ทำรายรวมทั้งหมดถึง 1,000,000,000 เยน (ประมาณ 9,000,000 ดอลลาร์สหรัฐ)[13] ในสหราชอาณาจักรภาพยนตร์ทำรายได้รวมถึง 141,065 ดอลลาร์สหรัฐ ที่ประเทศออสเตรเลีย 157,175 ดอลลาร์สหรัฐ ที่ประเทศนิวซีแลนด์ 16,680 ดอลลาร์สหรัฐในช่วงสุดสัปดาห์แรก[14] และที่สหรัฐอเมริกาทำรายได้รวมทั้งหมด 1,015,339 ดอลลาร์สหรัฐ[15]